Ngày 17/05/2013, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 65/2013/TT-BTC sửa đổi bổ sung Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012. Một số nội dung sửa đổi, bổ sung đáng chú ý tại Thông tư 165 như sau:

Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh bất động sản có nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp của người dân theo hợp đồng chuyển nhượng, sau đó được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng sang thành đất ở để xây dựng chung cư, nhà ở...để bán thì giá đất được trừ khi tính thuế GTGT là giá đất nông nghiệp nhận chuyển nhượng từ người dân và các chi phí khác bao gồm: khoản tiền sử dụng đất nộp NSNN để chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở, thuế thu nhập cá nhân nộp thay người dân có đất chuyển nhượng (nếu các bên có thỏa thuận doanh nghiệp kinh doanh bất động sản nộp thay);

Lãi tiền vay do các cơ sở kinh doanh không phải là tổ chức tín dụng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT:

Trường hợp từ ngày 01/3/2012 cơ sở kinh doanh không phải là tổ chức tín dụng đã lập hóa đơn, tính thuế GTGT đối với khoản lãi cho tổ chức, cá nhân khác vay vốn thì các bên lập hóa đơn điều chỉnh và thực hiện điều chỉnh lại khoản lãi tiền vay về đối tượng không chịu thuế GTGT.

Trường hợp các bên không thực hiện điều chỉnh hóa đơn đã lập, nếu tổ chức vay vốn sử dụng vốn vay phục vụ hoạt động kinh doanh chịu thuế GTGT thì được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định căn cứ hóa đơn GTGT của bên cho vay;

Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:

+    Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT.

+    Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế.

Thông tư 65 có hiệu lực từ ngày 01/07/2013.